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La plateforme de modélisation BioDynaMo accélère la simulation biologique

BioDynaMo, projet lancé en 2015 par CERN openlab, est arrivé à maturité et cherche de nouvelles applications

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Image created with Biodynamo
Une simulation créée grâce à la plateforme BioDynaMo (Image: CERN)

BioDynaMo (Biology Dynamics Modeller) est une plateforme logicielle open source permettant de créer, d’exécuter et de visualiser toutes sortes de simulations 3D à base d'agents. La modélisation à base d'agents, axée sur les composants actifs individuels d'un système, est une méthode puissante pour étudier des systèmes complexes dans différents domaines (biologie, épidémiologie, économie, sciences sociales, médecine, etc.).

Lancé en 2015, le projet BioDynaMo fait partie des travaux menés par CERN openlab, en collaboration avec Intel, sur la modernisation de codes. Il est financé par le budget du CERN pour le transfert des connaissances à des fins d'applications médicales. Son objectif principal était d'accélérer la simulation biologique.

Le principal avantage de BioDynaMo, par rapport à d'autres outils similaires, tient au fait que ce logiciel a été fortement optimisé afin de tirer pleinement parti des technologies informatiques modernes (processeurs multicoeurs et processeurs graphiques) ; il peut ainsi réduire considérablement les temps de simulation, permettant aux scientifiques de simuler plusieurs scénarios dans des délais raisonnables. Des arguments qui ont convaincu plusieurs laboratoires de changer de logiciel et d'utiliser BioDynaMo pour exécuter leurs simulations. La plateforme a servi, par exemple, à simuler la propagation du Covid-19 dans les espaces clos et à étudier les inégalités socio-économiques au Pays-Bas.

Le CERN a transféré à présent la responsabilité de la coordination technique du projet BioDynaMo à l'Université de Chypre. Il s'agit d'une étape importante dans le cycle de vie du projet. L’équipe responsable du projet remercie Fons Rademakers et ses collègues pour avoir brillamment guidé le développement de BioDynaMo, et recherche maintenant activement de nouvelles applications pour sa puissante plateforme. « Nous sommes fiers d'avoir développé avec succès ce projet, explique Alberto Di Meglio, responsable de CERN openlab. À présent que BioDynaMo a atteint un niveau de maturité technique suffisant, le moment est venu pour le consortium d'explorer de nouvelles applications avec de nouveaux partenaires dans d'autres domaines de recherche afin de garantir un impact maximal pour la société. »

BioDynaMo est l'une des technologies sélectionnée par le Fonds pour l’impact des technologies du CERN, le nouveau dispositif destiné à soutenir les technologies du CERN qui présentent un fort potentiel pour répondre aux problèmes sociétaux mondiaux actuels.

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Pour plus d’informations, consultez le site web de BioDynamo.